iqtree文献阅读

doi：10.1093/molbev/msu300

iqtree简单来说就是一种作者新提出来的一种进行最大似然分析的方法，全文通过和RAxML以及PhyML的性能比较以及最高似然值的反问的比较展开，采用了爬山方法和随机扰动方法，并证明了其二者结合可以在时间上有效的实现查找最大似然（ML）树。

文章第一通过一样的运行时间，来比较iqtree和RAxML以及PhyML，令其分析DNA序列个氨基酸，分别记录其分析的速度以及最大似然性的大小来进行分析，各自运行十次，然后，我们比较了IQ-Tree和其他两个程序在每一次对齐中产生的树的平均对数似然。

紧接着对不同运行时间进行了比较，在比较最大似然效果的同时，还进行了各自运行时间的比较，在默认和随机起始树选项下，IQ-Tree per-formed都优于Phyml。

在讨论部分进行了NNI的引入，IQ-Tree的良好性能的一个解释可能是随机NNI的引入。 局部最优树的这种随机扰动有助于逃避局部最优。 然后对扰动树进行优化。总之，IQ-Tree是一个时间和搜索效率都很高的ML树重建程序。由于IQ-Tree的效果并不总是优于其他两个，因此作者提议将三个方法组合在一起使用。至于最佳模型选择的modelfinder我估计那篇文献就得明天看了，天太冷了，我要去烧炉子了