用Read10X函数时报错Error in Read10X(folder) : Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz

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用Read10X函数时报错Error in Read10X(folder) : Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz,如下

用Read10X函数时报错Error in Read10X(folder) :  Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz

报错后检查文件,存在barcodes文件,如下

用Read10X函数时报错Error in Read10X(folder) :  Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz

后面发现是由于Read10X函数期望读入的是通过早期版本的10X Genomics Cell Ranger软件(<3.0)处理的scRNA序列的文件名(barcodes.tsv,genes.tsv,matrix.mtx),我把features.tsv重名为genes.tsv之后代码运行正常。

参考:Read10X(data.dir = “~”) error: Barcode file missing. Expecting barcodes.tsv.gz · Issue #6632 · satijalab/seurat · GitHub                  

seurat/R/preprocessing.R at master · satijalab/seurat · GitHub

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